De ældste byområder er forsynet med fællessystem, hvor husspildevand og regnvand der afstrømmer fra befæstede arealer ledes til samme ledning. Siden 1976 har den overordnede strategi været at separatkloakere (dvs. holde husspildevand og tagvand adskilt) med nedsivning af tagvand i de områder, hvor nedsivning er mulig.
I Allerød Kommune kloakeres nye områder primært for spildevand med nedsivning af regnvand på egen grund. Der kan dog være undtagelser, hvor forholdene ikke er til nedsivning.
Som udgangspunkt bevares den eksisterende kloakeringsform i oplandene, men der kan være tilfælde, hvor den mest optimale løsning i forhold til fælleskloakerede oplande vil være at gennemføre en separering. Såfremt Allerød Spildevand A/S i deres planlægningsarbejde kommer frem til dette, vil der blive udarbejdet tillæg til spildevandsplanen, der beskriver det konkrete projekt, og hvor de berørte borgere i høringsperioden kan komme med deres bemærkninger til projektet. Et sådant tillæg vil skulle godkendes af kommunen.