I Allerød Kommune findes to Natura 2000 områder. Områderne er Kattehale Mose og Øvre Mølleådal.
For hvert Natura 2000 område har staten udarbejdet en Natura 2000 plan, der blev vedtaget og offentliggjort i december 2011. Planerne beskriver de trusler, der er mod naturen i området og angiver indsatser til imødegåelse af truslerne.
Allerød Kommune skal nu udarbejde handleplaner for opfyldelse af Natura 2000 planerne.
Der må ikke foretages foranstaltninger eller gives tilladelser eller dispensationer efter en lang række love (herunder miljøbeskyttelsesloven), hvis tiltaget kan forringe udpegningsgrundlaget for et Natura 2000 område. Spildevandsplanen må således ikke lægge op til tiltag, der kan forringe naturtilstanden og dermed udpegningsgrundlaget i Natura 2000 områderne.