Der findes ca. 30-35 km vandløb i Allerød Kommune, som er målsat med ”God økologisk tilstand” i Vandplanerne. Derudover findes der et stort antal åbne grøfter og rørlagte vandløb eller dræn.
De målsatte vandløb er Donse Å, Degnebæk, Drabæk Rende, Ellebæk, Kajerød Å, Kollerød Å, Lynge Å, Rørmose Å, Bøgeholmløbet, Græse Å (Kedelsø Å og Langsø Å), Damvad Å, Hestetangs Å og Vassingerødløbet.
Af de målsatte vandløb er det kun godt 5 km, der allerede nu har god økologisk tilstand, de resterende opfylder endnu ikke målet om god økologisk tilstand.
I Vandplanerne er der udpeget 16 km til indsats. Det er dog kun Kollerød Å og Kedelsø-Langsø Å, der er omfattet af krav i første planperiode.
Der er flere årsager til, at målsætningen endnu ikke er opfyldt for mange af vandløbene. Det kan skyldes udledninger af spildevand, ringe vandføring i vandløbet og/eller dårlige fysiske forhold.